Selo

Serinin üçüncü filminde, Üçüncü Çarpışma'dan bu yana 14 yıl geçmiştir. Ikari Shinji hatırlamadığı bir dünyaya gözlerini açar. Yaşlanmamıştır. Dünyanın büyük bir kısmı harabeye dönmüş, NERV dağıtılmış ve daha önce koruduğu insanlar ona karşı dönmüştür. Gizemli Nagisa Kaworu ile arkadaş olan Shinji meleklere karşı savaşmaya devam eder, hatta eski müttefiklerini bile karşısına alır ama sonradan fark eder ki bu savaşın biteceği yoktur. Karakterler, Meleklere ve birbirlerine karşı olan savaşların ortasında çabalarken, dünya kaçınılmaz sona doğu gidiyor olabilir.

Char'ın isyanının ardından Hathaway Noa, Dünya Federasyonu'na karşı bir ayaklanmaya önderlik eder. Ama bir düşmanla ve gizemli bir kadınla tanışması, kaderini değiştirir.

Under constant attack by monstrous creatures called Angels that seek to eradicate humankind, U.N. Special Agency NERV introduces two new EVA pilots to help defend the city of Tokyo-3: the mysterious Makinami Mari Illustrous and the intense Asuka Langley Shikinami. Meanwhile, Gendo Ikari and SEELE proceed with a secret project that involves both Rei and Shinji.

1995 yılında TV'de yayınlanıp çok popüler olan bir animasyon eserine yeni sahneler ve gösterim teknikleri eklenerek son ileri dijital teknik kullanılarak görüntüleri yeniden yapılmış olan “Yeni Sinema Versiyon 4 Serisi”nin ilk bölümünde yer alan eserdir. Dünyayı tahrip eden “Second Impact (İkinci Çarpma)”tan 15 yıl sonra, 14 yaşındaki Shinji Ikari, babası ve aynı zamanda özel görevlendirilmiş kuruluş “NERV”in Başkumandanı olan Gendo Ikari tarafından Evangelion'un pilotu olması için emir alır ve “Mürit” denen gizemli düşmanlardan insanları korumak için savaşmak zorunda kalır.

In C.E.75, the fighting still continues. There are independence movements, and aggression by Blue Cosmos... In order to calm the situation, a global peace monitoring agency called COMPASS is established, with Lacus as its first president. As members of COMPASS, Kira and his comrades intervene into various regional battles. Then a newly established nation called Foundation proposes a joint operation against a Blue Cosmos stronghold.

Dördüncü Etki'nin ardından, Evangelion'ları olmadan mahsur kalan Shinji, Asuka ve Rei, harap olmuş Dünya gezegeninde hâlâ var olan ender insanlık ceplerinden birine sığınır. Orada her biri, bir Evangelion pilotu olarak günlerinden çok farklı bir hayat yaşıyor. Ancak, dünya için tehlike henüz geçmiş değil. Ufukta yeni bir etki beliriyor; bu, Evangelion'un gerçek sonu olacak.