Yūko Miyamura

Dördüncü Etki'nin ardından, Evangelion'ları olmadan mahsur kalan Shinji, Asuka ve Rei, harap olmuş Dünya gezegeninde hâlâ var olan ender insanlık ceplerinden birine sığınır. Orada her biri, bir Evangelion pilotu olarak günlerinden çok farklı bir hayat yaşıyor. Ancak, dünya için tehlike henüz geçmiş değil. Ufukta yeni bir etki beliriyor; bu, Evangelion'un gerçek sonu olacak.

Serinin üçüncü filminde, Üçüncü Çarpışma'dan bu yana 14 yıl geçmiştir. Ikari Shinji hatırlamadığı bir dünyaya gözlerini açar. Yaşlanmamıştır. Dünyanın büyük bir kısmı harabeye dönmüş, NERV dağıtılmış ve daha önce koruduğu insanlar ona karşı dönmüştür. Gizemli Nagisa Kaworu ile arkadaş olan Shinji meleklere karşı savaşmaya devam eder, hatta eski müttefiklerini bile karşısına alır ama sonradan fark eder ki bu savaşın biteceği yoktur. Karakterler, Meleklere ve birbirlerine karşı olan savaşların ortasında çabalarken, dünya kaçınılmaz sona doğu gidiyor olabilir.

Under constant attack by monstrous creatures called Angels that seek to eradicate humankind, U.N. Special Agency NERV introduces two new EVA pilots to help defend the city of Tokyo-3: the mysterious Makinami Mari Illustrous and the intense Asuka Langley Shikinami. Meanwhile, Gendo Ikari and SEELE proceed with a secret project that involves both Rei and Shinji.

Gendo, kontrolü altında Üçüncü Çarpma'yı ve Tamamlama'yı tetikleyemeden önce Seele, Eva'ları yok etmek amacıyla Nerv'e topyekûn saldırı düzenler.

Başlangıçta Neon Genesis Evangelion TV dizisinden bir klip koleksiyonu olan Death, dizinin yeniden işlenmiş sonunun habercisi olarak yaratıldı. Yeniden doğuş, yeniden işlenmiş bir son olarak tasarlanmıştı, ancak üretim aşımlarından sonra Yeniden Doğuş, bazı küçük farklılıklarla The End of Evangelion'un ilk bölümünün yalnızca ilk yarısı oldu.

Guts, ağaca asılı ölü bir bedenden doğmuş; tesadüfen bir grup savaşçı tarafından kurtarılmıştır. Küçüklüğünden beri boyundan büyük kılıçlarla beraber olduğu grupla savaştan savaşa sürüklenen Guts'ın yolu, günün birinde Band of Hawks(şahinler Topluluğu) adlı oldukça yetenekli bir savaşçı grubuyla kesişir. Lider Griffith, Guts'ın dövüş kabiliyetinden memnun kalmıştır ve kazananın isteğinin kabul edileceği bir düellodan sonra galip gelerek, Guts'ı grubuna dahil eder. Bir çok savaşta ünlerini artıran grup, Griffith'in sinsi planları ile Şovalyelik mertebesine kadar yükselir. Ancak Grifitth, bundan fazlasını istemektedir ve Band of Hawks için yıkım kaçınılmaz olur. Yaşanan gizemli olaylar Guts'ın hayatını sonuna dek etkileyecek; onu sürekli karanlık güçlerle mücadele eden bir kader savaşçısı haline getirecektir.

İkinci Patlama'dan on beş yıl sonra Shinji Ikari, korkunç Havariler'e karşı savaşan genç meka pilotlardan biri olarak babasının grubu Nerv'e katılır.