Lana Wachowski

İnsanlığın bu dünyada tek olduğunu düşündüğü bir zamanda, kendi halindeki genç bir kız, Evrenin Kraliçesi tarafından suikaste gitmek üzeredir. Ancak dünya dışından başka birisi onu kurtarır. Ve Evrenin Kraliçesi'nin hükümdarlığını sona erdirmesi için o kıza ihtiyacı vardır.

Matrix'te tasvir edilen olaylardan altı ay sonra, Neo, özgür insanlar için iyi bir kehanet olduğunu kanıtladı, çünkü giderek daha fazla insan Matrix'ten kurtulup Direniş'in tek kalesi olan Zion'a getiriliyor. Neo'nun kendisi, süper hız, Matrix'in içindeki şeylerin kodlarını görme yeteneği ve belirli bir dereceye kadar ön biliş gibi süper güçlerini keşfetti. Ancak bu direnişe kötü bir haber var: 250.000 makineli nöbetçi Zion'u kazıyor ve onlara 72 saat içinde ulaşacak. Zion nihai savaşa hazırlanırken Kahin Neo, Morpheus ve Trinity'ye Kaynağa ulaşmalarına yardım edecek Anahtarcı'yı bulmalarını söyler. Bu arada Neo'yu Trinity'nin ölümünü tasvir eden tekrarlayan rüyalar endişelendiriyor ve sanki bu yeterli değilmiş gibi, Ajan Smith bir şekilde silinmekten kurtulmuş, eskisinden daha güçlü hale gelmiş ve Neo'yu bir sonraki hedefi olarak belirlemiştir.

Neo, başka bir cephede savaşı bitirmek için savaşırken aynı zamanda Ajan Smith'e karşı koyar. İnsan şehri Zion, makinelerin kitlesel istilasına karşı kendini savunur.

Bir bilgisayar programcısı olan Thomas Anderson aynı zamanda Neo takma isimli çok usta bir bilgisayar korsanıdır. Ancak siyah takım elbiseli ve gözlüklü adamların yakın takibindedir. Bu takibin nedenini ise karşılaşacağı Morpheus'dan öğrenecektir. Neo, birden kendini Morpheus'un anlattıklarına güvenmek zorunda kaldığı büyük bir komplonun içinde bulacaktır. İçinde yaşadığımızı sandığımız bu dünya tamamiyle aldatıcıdır. Tüm insanlık aslında uzaydan gelen yaratıkların köleleridir. Neo, Trinity ve Morpheus'un da yardımıyla kendilerini bu düzeni yıkmaya adayan bir grubun içine katılır.